基于山形水系框架，以中部山區為核心，以重要湖庫為節點，以自然山脊及河流為廊道，以生態岸段和海域為支撐，構建全域生態保育體系，總體形成“生態綠心+生態廊道+生態岸段+生態海域”的生態空間結構。
生態綠心。包括五指山、霸王嶺、黎母山等40個重要山體、62萬公頃熱帶雨林和12個自然保護區，是生態保護與水土涵養的核心空間。
生態廊道。包括38條生態水系廊道和7條自然山脊生態廊道，是全島指狀生長、山海相連的生態骨架。
生態岸段。包括河流入海口、基巖海岸、自然岬灣、潟湖、紅樹林等重要海岸帶類型。
生態海域。包括珊瑚礁、海草床、紅樹林海洋保護區、水產種質資源保護區等近岸海域。
1：海南島生態空間結構圖
生態功能分區：
包括一級生態功能區、二級生態功能區和近岸海域生態保護功能區。
一級生態功能區。指嚴格進行生態保護紅線管控和剛性約束的區域，是生態功能與生態安全的核心骨架。一級生態功能區包括禁止性生態保護紅線區和限制性生態保護紅線區;禁止性生態保護紅線區內禁止與生態保護無關的開發建設，限制性生態保護紅線區內實行嚴格的空間利用管控。
圖2 海南島生態紅線區域分布圖
禁止性生態保護紅線區：包括自然保護區的核心區和緩沖區，陸域種質資源分布區，其他極重要生物多樣性保護區，紅樹林集中分布區，飲用水源一、二級保護區，其他極重要水源涵養區，極重要水土保持區，海岸帶自然岸段保護區等。
限制性生態保護紅線：包括自然保護區的實驗區，水產種質資源保護區，其他重要生物多樣性保護區，飲用水源準保護區，其他重要水源涵養區，重要水土保持區，風景名勝區、地質公園、森林公園、濕地公園，海岸帶自然岸段生態緩沖區和核電安全緩沖區等。
二級生態功能區。指進行生態指標管控的區域，既是農、林業的生產空間，也是重要生態空間。區內實施嚴格的指標控制，面積指標可實施占補平衡。二級生態功能區主要包括耕地，部分林地，部分水域以及其它重要生態空間。
近岸海域生態保護功能區分為禁止性生態保護紅線區和限制性生態保護紅線區。
禁止性生態保護紅線區包括國家級、省級自然保護區的核心區、緩沖區(含區內無居民海島);領海基點保護范圍區域等。
限制性生態保護紅線區包括國家級、省級自然保護區的實驗區，海草特別保護區，海洋保護區，近岸海域中增養殖用海區，自然保護區核心區、緩沖區外的無居民海島，典型性熱帶海洋生態系統，重要河口生態系統，重要濱海濕地、自然景觀與歷史文化遺跡，重要岸線與鄰近海域，重要漁業水域，特殊岸段和其他海域(扣除海口、三亞等城鎮岸段和海口港、清瀾港、三亞港、洋浦港、八所港等港口建設岸段)等。
資源利用與環境質量指標包括：資源利用底線(耕地、永久基本農田、林地、濕地面積)、資源利用上限(水資源、能源、海岸線和岸段)、環境質量底線(空氣質量、環境質量、土壤環境質量、生態環境質量)。